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Das Entfernen von Pflanzenmaterial (Krauten und Mahd) aus einem Fließgewässer und die damit verbundene (Zer-)Störung des Lebensraumes hat sicher einen Einfluss auf die Fischgemeinschaften. Wie groß dieser Einfluss ist, ist derzeit noch umstritten. Eine kurzfristige Störung wird von dem Eingriff in das Gewässer durch Maschinen oder Arbeiter bei der Handmahd ausgehen, wobei es vermutlich zu Scheucheffekten oder einem Exodus (Massenflucht) kommt.

Auch kann durch Waten oder den Einsatz von Geräten Sediment mobilisiert werden, so dass es durch die dann eintretende Wassertrübung, ähnlich wie nach starken Niederschlägen, zu einer Beeinträchtigung der Lebensbedingungen durch Sauerstoffmangel oder Kolmation (Zusetzen des Kies- oder Bachbettlückensystems) kommen kann. Von gravierender Wirkung wird das Anlanden, Töten oder Verletzen der Fische bei der Entnahme des Pflanzenmaterials sein, wobei auch eine Gefährdung durch den nicht beabsichtigten, aber durchaus auftretenden Eingriff in die Gewässersohle besteht. Die Veränderung des Strömungsregimes und die Verarmung an gewässergestaltenden Strukturen (Totholz, Findlinge etc.), die zu einem großen Teil auch vom technischen Gewässerausbau herrühren können, werden sich dagegen langfristig formend auf die Fischgemeinschaft auswirken.

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